На протяжении своей истории специалистами музея проведена большая подвижническая работа по сохранению и исследованию наивного искусства России и стран бывшего СССР – благодаря большим и малым выставочным проектам, издательской деятельности и профессиональным научным контактам собрана значительная коллекция, изданы исследовательские и каталожные материалы.
В 2013 году начинается новая реорганизация музея, в результате которой в 2014 году значительно увеличились выставочные площади – был присоединен выставочный зал «Арт-Измайлово». Благодаря этому у музея появилось пусть несовершенное, но собственное хранилище фондов. В конце 2015 года решением Департамента культуры была завершена реорганизация. Музей наивного искусства был объединен с Московским музеем народной графики под новым названием Музей русского лубка и наивного искусства.
В коллекции музея находится около 1800 экспонатов, относящихся к направлению «наивное искусство» и «аутсайдер-арт».
После объединения и реорганизации фонды музея пополнились лубочными листами (свыше 70 подлинников XIX в.), реконструкциями лубка, которые созданы в 1980-90-е гг. В.П. Пензиным, директором Московского музея народной графики – к ним относятся Библия Василия Кореня (XVIII в.) и листы из собрания Д.А. Ровинского (около 200 листов) и современной графикой участников «Мастерской народной графики» с элементами лубочных мотивов (около 2000 листов).
